基于DNA条形码及UFLC技术的藏药翼首草相关性的品质评价研究(2)
2 方法与结果
2.1 DNA条形码实验
2.1.1 DNA 提取、PCR扩增及测序 取翼首草药材约10 mg，应用DNA提取研磨仪(RetschMM400，德国)研磨材料1 min(1 800 r·min-1)，之后采用北京天根生化植物DNA提取试剂盒(Tiangen Biotech Co.，China) 提取总DNA。以提取的DNA为模板，使用植物ITS2区通用引物，序列正向引物 5′-AT-GCGATACTTGGTGTGAAT-3′，反向引物5′-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3′，进行PCR扩增，对PCR扩增后产物进行纯化后，采用ABI 3730XL测序仪(Applied Biosystems Co.，USA) 进行双向测序。
2.1.2 数据处理 采用CodonCode Aligner V 4.5.0(CodonCode Co.，USA)对测序峰图进行校对拼接，去除低质量区，同时基于隐马尔可夫模型HMMer 注释除去5.8S和28S，从而获得ITS2序列。用MEGA 6.0对拼接后的序列进行分析，基于K2P(Kimura 2-Parameter)模型计算遗传距离、用邻接法(Neighbor Joining ......
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2.1 DNA条形码实验
2.1.1 DNA 提取、PCR扩增及测序 取翼首草药材约10 mg，应用DNA提取研磨仪(RetschMM400，德国)研磨材料1 min(1 800 r·min-1)，之后采用北京天根生化植物DNA提取试剂盒(Tiangen Biotech Co.，China) 提取总DNA。以提取的DNA为模板，使用植物ITS2区通用引物，序列正向引物 5′-AT-GCGATACTTGGTGTGAAT-3′，反向引物5′-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3′，进行PCR扩增，对PCR扩增后产物进行纯化后，采用ABI 3730XL测序仪(Applied Biosystems Co.，USA) 进行双向测序。
2.1.2 数据处理 采用CodonCode Aligner V 4.5.0(CodonCode Co.，USA)对测序峰图进行校对拼接，去除低质量区，同时基于隐马尔可夫模型HMMer 注释除去5.8S和28S，从而获得ITS2序列。用MEGA 6.0对拼接后的序列进行分析，基于K2P(Kimura 2-Parameter)模型计算遗传距离、用邻接法(Neighbor Joining ......
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